基督教研究所碩士班課程設計旨在培育教會多元服事人才。課程除必備基督教基本知識外，輔以教會之聖樂與禮儀與社區服務等專業知識來培育教會多元服事人才。課程除研究方法及論文寫作與畢業論文必修外，主要分為基督教思想共同必修、及分組選修教會音樂或教會社會工作等課程。基督教思想旨在研究新、舊約聖經、基督教內部文學作品及外觀教堂建築構思；而分組選修中教會音樂著重教會禮拜、聖樂之發展及聖樂演奏或演唱，而教會與社會工作則著重基督教之實踐面向，如教會社會工作哲學、社區服務之方案設計及教會如何配合社會福利政策來關顧高齡或社會弱勢團體，以實踐其「愛人如己」之信仰精神。

基督教研究所碩士班除了研讀基本聖經及神學課程，著重基督教人文素養外，另外分別重視教會崇拜禮儀知識與聖樂演奏專業技術，或教會社區工作技能與專業知識。為達成上述培育發展，神學研究所與基督教研究所碩士班學員均必須參與本校為之安排之早、晚禱及禮拜。學員也必須住校，經由學院學習生活、團契生活及禮拜生活來落實培育方向。