本校經奉107年1月2日教育部臺教高（三）字第1060189494號函同意於106學年度春季班開始招生，現有神學研究所及基督教研究所等教學單位。

本校神學研究所每年依據教育部核定總量招收碩士班學生一班。修業年限為2至4年，完成所訂之課程與修業要求並完成學位考試後，依學位授予法授予文學碩士（Master of Arts）。

神學研究所畢業總學分數為48學分。

其中基礎神學必修課程30學分：含蓋聖經神學12學分，神學與歷史9學分，及研究方法與畢業論文6學分。

另外，專業選修或其他選修共計21學分中，依學生未來教會或教會機構工作取向提供更多有關哲理、神學、教會服事、與社會服務之專業課程，培育教會宣教人才。

神學研究所畢業生得依台灣基督長老教會服事人員培育方式,繼續在台灣基督長老教會所屬神學教育機構接受牧職教育,並於日後受派赴各地方教會或機構從事牧養專業工作，或申請全國各基督教醫院從事關懷師之職務，或應聘為教會傳道幹事之職務，或從事信徒宣教，或申請國、內外神學相關學術機構繼續進修。